با هدف گسترش مدارس با رویکرد دینی و به دنبال موفقیت و اقبال به مدارس عالی شهید مطهری، نخستین بار در سال ۱۳۸۲، مدرسه راهنمایی عترت مطهر به همت شماری از دانش آموختگان دبیرستان علوم و معارف اسلامی شهید مطهری آغاز به کار نمود. پس از گذشت پنج سال فعالیت موفق و تجربه اندوزی، و به منظور توسعه و سامان بخشی اداره مدارس، با کمک عده‌ای از شخصیت‌های فرهنگ دوست شهر مشهد، موسسه فرهنگی دینی  عترت مطهر پایه گذاری گردید. توسعه مجموعه مدارس از پیش دبستانی تا دبیرستان بخشی از اهداف موسسین بود که با همت معلمین با تجربه و همکاران دلسوز مجموعه به بار نشست. هم اینک، موسسه در حال گسترش فعالیت های خود در زمینه های مختلف آموزشی و تربیتی است.